Datei
Eine Datei ist eine Menge von Daten (Texte, Zahlen, ausführbarer Code, ...).
Ordner
Ein Ordner ist eine Menge von Dateien (= Behälter für Dokumente). Diese Menge kann auch leer sein (leerer Ordner).
Verzeichnis
Ein Verzeichnis ist eine listenförmige Darstellung von Informationen (= strukturierte Liste).
leeres Verzeichnis
Der Begriff leeres Verzeichnis erklärt sich selbst.
Verzeichnisse und Ordner meinen quasi dasselbe. Welchen Begriff man verwendet, hängt von der jeweiligen Darstellung ab (siehe Inhalt in Klammern).